A história começa algumas semanas após os acontecimentos de "Avatar: O Caminho da Água". A família Sully continua a viver entre o clã Metkayina nos pitorescos recifes de Pandora enquanto aprende a viver sem Neteyam, o filho mais velho que morreu numa escaramuça com o Povo do Céu.

Jake, Neytiri, Lo'ak, Tuk, Spider e Kiri lidam com a perda à sua maneira. Enquanto Spider se adapta à vida com o povo do recife, os Sully preocupam-se com a sua segurança e percebe que ele não pode mais permanecer com eles. Após uma apresentação ao Clã Tlalim, nómadas pacíficos que viajam pelos céus, o seu chefe, Peylak, concorda em transportar Spider de volta ao Acampamento Alto, a fortaleza dos Omatikaya.

Por fim, toda a família Sully decide juntar-se a Spider na viagem que é interrompida por um ataque do Clã Mangkwan, também conhecido como o Povo das Cinzas. Liderado por Varang, o Povo das Cinzas é composto por Na'vi que viram a sua cultura e modo de vida foram drasticamente alterados após a devastação da sua terra por um vulcão. Culpam Eywa (a Mãe de Todos de Pandora) pelo desastre. Enquanto isso, a RDA está em dificuldades, após a derrota devastadora às mãos de Jake Sully e do Clã Metkayina, e reagrupa-se para planear o próximo ataque.